Søya har sitt utspring fra de vestre delene av Trollheimen, i fjellområdene mellom Surnadalen og Todalen. Elva strekker seg over to mil før den munner ut i Stangvikfjorden ved Kvanne.

Dreneringskanal — Foto: Einar Sæterbø, NVE, 1992

Mellom Kvennbø og Haugafossen, en strekning på 5 km, er Søya kanalisert, senket og sikret mot flom og erosjon. Før anlegget sto ferdig svingte elva fra side til side i den brede dalen. Det er bygd seks steinterskler i elva for å hindre bunnsenkning, og det er lagt ut enkeltsteiner for å skape gytested for fisk. Sideelvene Bjønnåa og Fossåa er lagt om og delvis erosjonssikret. I samarbeid med grunneiere er det også gravd flere kilometer dreneringskanaler.

Tidligere var arealene langs Søya på strekningen Kvennbø og Haugafosssen sterkt utsatt for flom. I 1930 ble det utarbeidet en omfattende flomsikringsplan, men planen ble ikke vedtatt før i 1984. Arbeidene med anlegget startet i 1985 og sto ferdig i 1989. Planlegging og utførelse ble gjennomført som et samarbeidsprosjekt mellom kommunen, grunneiere, Møre og Romsdal fylke og Landbruks- departementet, kanskje det mest omfattende flomsikringsprosjektet i regionen. Som et resultat fikk 2700 daa bedre bruksverdi og 1700 daa dyrkningsjord ble sikret mot flom. Kanaliseringen har fungert etter hensikten når det gjelder nydyrkning, avling sikkerhet og bosetting.