Vernegrunnlag: Beliggenhet sentralt på Varangerhalvøya. Vassdraget som drenerer mot sør, er viktige deler av et særpreget landskap med arktisk preg og utpreget viddekarakter i indre deler. Elvesystemet utgjør en sentral del av landskapet. Isavsmeltingsformer, elveløpsformer, botanikk, landfauna og vannfauna er viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftslivet, bl. a. laksefiske.

Fiske ved utløpet av elva. (Foto: Knut A. Hoseth)

Vestre Jakobselv (Ánnejohka) drenerer sentrale deler av Varangerhalvøya. Dalen er flat og vid med store hei- og myrstrekninger, nederst med bjørkeskog. Vassdraget har få innsjøer.

Bergrunnen består i øvre deler av leirskifre, som i midtre og nedre deler avløses av tillitt og sandstein.  Øvre del er preget av spylerenner og dødislandskap, i nedre deler ligger en rekke terrasser og strandvoller. I Jakobselvkroken i den øverste delen av elva, meandrerer elva i stille loner gjennom store myr- og vierskogområder. På platåene ved elvas øvre løp ved øvre Flintelva, er det særpregete tundramarker. Spesielt nedre del har stor formrikdom, med store glasifluviale og marine avsetninger.  Nedenfor går elva i grunne stryk med stein og grus. Den nedre delen av elva har et variert elveløp med flere lave fossefall og kløfter gjennom fint lagdelt sandstein.

Vide bjørkeskoger dekker den nedre deler av dalføret. Her finnes også tydelige spor etter gamle slåttemarker. De øvre delene er et karrig, slakt heilandskap med mange små, grunne vann, tjern og myrer. Det er knyttet betydelige ornitologiske interesser til disse våtmarkene.

Elva er en god lakse- og ørretelv. Det er bygget laksetrapper i alle fossene i den nedre delen, og laksen går 20-30 km opp i elva.

Ved utløpet i Varangerfjorden ligger tettstedet Vestre Jakobselv, 17 km vest for Vadsø. I nedre del ligger mange hytter, og elva og dalen brukes til fiske og friluftsliv. Store deler av nedbørfeltet inngår i Varangerhalvøya nasjonalpark..