Vernegrunnlag: Anbefalt referansevassdrag. Beliggenhet øst på Varangerhalvøya, vendt mot ytre Varangerfjorden. Vassdraget, som mangler vann i indre deler, er viktig del av et særpreget, arktisk og karrig landskap med utpreget viddekarakter i øvre deler. Elvesystemet utgjør en sentral del av landskapet og preger nedre del med meandrer, myrer og små vann. Elveløpsformer, botanikk, landfauna og vannfauna er viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftslivet, inkludert jakt og fiske (laks).

Nedre del av vassdraget (Foto: Sylvia Smith-Meyer, 2016)

Fra kildene sentralt på Varangerhalvøya renner Komagelva (Storrajohka) mot sørvest til utløp ytterst i Varangerfjorden ved Komagvær mellom Vardø og Vadsø.

Landskapet er preget av slake åser og en vid, åpen elvedal. Ned til Bjørneskaret går elva i en markert dal. Nedenfor vider landskapet seg ut og danner en stort, åpent myr- og heilandskap. Fra nord kommer den sterkt forgrenete Fosselva.

Komagelva (Storrajohka) danner store meandre ned mot utløpet. Bortsett fra mange små og grunne tjern i nedre del, er vassdraget uten innsjøer. Berggunnen består av omdannede sedimentære bergarter, i sør hovedsakelig sandsteiner, i nord kvartsittisk sandstein og leirstein i veksling. Ved utløpet dominerer leirskifer. Mektige terrasser i nedre deler er geofaglig interessante.

Øvre deler er praktisk talt uten vegetasjon, men nedover i dalen kommer etter hvert gras og lyngvegetasjon inn. Nedenfor Bjørneskaret, hvor elva blir mer stilleflytende og meandrerende, vokser tette belter av viervegetasjon langs elva. Vassdraget er skogløst og har arktisk preg. Fra elvas munning og sørover strekker en lang sandstrand seg med innenforliggende sandynelandskap. Feltet er fredet som reservat, særlig begrunnet med floraen som har innslag av østlige plantearter. Komagelva har stor verdi for naturvitenskapelig forskning, særlig for fagene botanikk og zoologi.

Myrene langs elva har også betydning som viktige lokaliteter for fugl. Faunaen er tallrik og artsrik. Størrelsen tatt i betraktning, tilhører Komagelva en av landets beste lakseelver. Elva har også en stor bestand av sjørøye. 

Komagelva er et viktig område for friluftsliv både i forbindelse med sportsfiske, jakt og bærsanking. Bortsett fra veien til Vadsø som krysser elva ved utløpet, noe hyttebygging, og kjørespor i de nedre deler, er størstedelen av feltet upåvirket av tekniske inngrep. Store deler av nedbørfeltet inngår i Varangerhalvøya nasjonalpark.