Vernegrunnlag: Anbefalt referansevassdrag. Vassdragets forgreinete elvesystem med svært mange vann er sentrale deler av et overveiende lavtliggende landskap innerst i Varangerfjorden. Vegetasjonen er skrinn og terrenget svært knudret. Isavsmeltingsformer og elveløpsformer med tilhørende biologisk mangfold er viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftslivet.

Nedre del av vassdraget (Foto: Jon Arne Eie, 1989)

Sammen med Vesterelva (Njiðggujohka) og Nyelva (Oððajohka) drenerer Reppenelva (Reahpenjohka) skog-, fjell- og viddeområder mellom Polmak/Tana og Neidenvassdraget, sør for Varangerfjord. Reppenelva har sine utspring i fjellområdet (400 moh.) inn mot finskegrensen. Sideelvene fra sør renner ut i Diergejavri (177 moh.), vassdragets største innsjø. Herfra drenerer elva rett nordover til utløpet i Karlebotn innerst i Varanger. Vassdraget har svært mange vann.

Berggrunnen domineres av granittiske gneiser tilhørende grunnfjellet. Hoveddalen er markert med kolleformete fjell og grunne dalsøkk mellom. Mot sør smalner dalen og får fluvialt preg før viddelandskapet blir dominerende. Mot utløpet er hoveddalen fylt med løsavsetninger i form av et isranddelta. I deltaet er det utviklet flere strandvoller. Fra nordenden av Aidneluoball (160 moh.) og sørover til de innerste delene av feltet er det avsatt hauger og rygger av løsmateriale, enkelte steder også randmorener. Avsetningene stammer trolig fra en sen fase i isavsmeltningen, trolig fra Yngre Dryas og senere.

I nedre deler har elva erodert seg ned i de mektige avsetningene og går i fosser og stryk.

Store deler av nedbørfeltet er kledt med bjørkeskog. De øvre partier av Reppenelva er godt vilt- og rypeterreng. Myrene ved utløpet er rasteplass for sædgås. Dalen er hekkeplass for rovfugl.

Vassdraget er rikt på ørret og røye. Det er bygd laksetrapp i den største fossen like ovenfor utløpet, men elva har aldri blitt noen lakselv. Laksetrappen er nå forfalt. Det finnes litt bosetning ved utløpet.