Vernegrunnlag: Vassdragets forgrenete elvesystem med mange vann og myrer er sentrale deler av et knudrete og lavtliggende terreng innerst i Varangerfjorden. Isavsmeltingsformer, vegetasjon, landfauna og vannfauna utgjør viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for laksefiske.

Variert elveløp mellom terrasser i nedre deler. (Foto: Sylvia Smith-Meyer, 2016)

Vesterelva (Njiðggujohka) drenerer de lave bjørkeskog- og myrområdene mellom Tana/Polmakelva og Varangerfjorden. De knudrete fjell- og skogområdene øverst i vassdraget, inn mot grenstraktene mot Finland sør, er sterkt forgreinet med mange vann. Fra Vesterelvvannet midtveis i vassdraget går elva nordover gjennom vide skog- og myrvidder til utløpet innerst i Meskfjorden/Varangerbotn, den nordligste armen innerst i Varangerfjorden.

Berggrunnen sør for Varangerfjorden tilhører øst-Finnmarks grunnfjellområde, og består hovedsakelig av granittisk gneis. Dette gir et knudret landskap. Sør for Karlebotn går skillet mellom grunnfjellet og de mer myke, senprekambriske sandsteinslagrekkene med slake landformer. Nord for Vesterelvvann er dalbunnen fylt opp av kvartære løsavsetninger med illustrative landformer fra isavsmeltingens og landhevningens historie, slik som markerte marine terrasseformer, dødisgroper, dreneringskanaler, eskere, strandvoller og randmorener. Vesterelvas nedre løp meandrerer gjennom store løsmasser. På begge sider av elva ligger vide myrområder med store innslag av palsmyr.

De vide strand- og fjæreområdene ved utløpet i Varangerfjorden er fredet som naturreservat på grunn av betydningen som rasteplass for vadefugl og ender. Her finnes partier med velutviklet,arktisk strandvegetasjon. Laks går opp i elva, og det er bygd tre laksetrapper.

Bosetting og oppdyrking er spredt fra elvas utløp til Karlebotn. E6 følger elva i nedre del.