Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Beliggenhet i ytre kyststrøk i Troms. Bre, elver og vann er sentrale deler av et kontrastrikt og særpreget karrig landskap med kort avstand mellom alpine fjell og fjord. Elveløpsformer og botanikk inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Store kulturminneverdier. Viktig for reindriften.

Innover Skalsadalen med Skalsavatnet foran. Elva fra Øksfjordjøkulen kommer ned dalen til høyre i bildet og renner ut i vannet. (Foto: Gunnar Kristiansen, 2009)

Skalsaelva (Skálžžajohka) ligger på Loppahalvøya og renner ut i Skalsa på nordsiden av Jøkelfjorden.

Nedbørfeltet rommer store topografiske kontraster. Skalsadalen har en slak, åpen dalbunn som løper nordvestover til vannskillet mot Langfjordvassdraget ca. 300 moh. Nord for hoveddalen ligger et utpreget alpint landskap med store rasmarker, spisse fjell og breer. De høyeste arealene ligger inne på Øksfjordjøkelen, som er den største breen i Troms og Finnmark. På sørsiden av hoveddalen stiger terrenget raskt, men når ikke samme høyder og har ikke samme alpine karakter som på nordsiden. De største vannene i nedbørfeltet er Svartfjellvatna i sør, Isvatnet, ved foten av breen i nord og Skalsavatnet sentralt i feltet.

Berggrunnen er dominert av ulike gabbroer, oftest lagdelte. I tillegg er det mindre felter med båndgneis og kalkstein. De lavereliggende delene av nedbørfeltet er dominert av karrig lavalpin vegetasjon med blåbærhei og grasdominerte snøleier. Fuktigere partier har myr og kildevegetasjon. Det er bare mindre skogforekomster av bjørk i nedre deler av de bratte liene på nordsiden av Skalsavatnet. Vegetasjonen i nedre del er sterkt beitepreget. Størst botanisk verdi har fjellvegetasjonen med forekomster av næringskrevende og plantegeografisk interessante arter som reinrose og fjellvalmue. Store arealer er bare dekket av mose og lav. Vassdraget har to markerte vannkvaliteter, en gren som ikke er brepåvirket og en karrig, brepåvirket gren. Det er vernet få brepåvirkede vassdrag i området. Flere breer kalver i innsjøer.

Offerstedet Jiehtnas (Kjempen), en markant, stor steinsøyle i fjellsiden utenfor utløpet av Jøkelfjorden, ble brukt av kystsamer og reindriftssamer. Gammetufter på begge sider av Skalsaelva og Skalsabukta er trolig spor etter den gamle kystsamiske bosetningen.

Nedbørfeltet er en del av et større avsidesliggende og urørt landskap på Loppahalvøya, nesten uten tekniske inngrep. Nedbørfeltet blir brukt som beitemark. Det er ikke veiforbindelse til vassdraget.

Landskapet har stor opplevelsesverdi og er egnet for turer til fots, fjellsport og jakt.