Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Vassdraget er sentrale deler av et kontrastrikt landskap som øverst har høyfjellsvidde med flere vann. Flere elver går i foss og fossestryk i canyon. Dalbunnen er variert og utgjør bare en liten del av feltet. Elveløpsformer og vannfauna (laks) inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Kvænangselva (Baðajohka) har utspring øst for Nabar, i grensetraktene mellom Troms og Finnmark, og renner ut i sjøen ved Bjørkenes. Hovedelva som er ca. 40 km lang, har mange sideelver. De første 3-4 km fra utløpet renner elva gjennom et vidt dalføre, de neste 10-12 km er trangere, før dalen åpner sørøstover mot vidda. Kildene til Kvænangselva er et typisk viddelandskap 500-700 moh. Vidda utgjør om lag 80 % av nedbørfeltet. Over kote 200 har flere sideelver utviklet canyon-former i det rolige viddelandskapet.

Ved munningen av hoveddalen er det avsatt et mektig isranddelta opp til omlag 100 moh. Senere avlagring og erosjon har resultert i flere terrassenivåer i forskjellige høyder. Ved utløpet bygger elva opp et stort delta. I sørøst finnes en del sjeldne fjellplanter.

Ved Nedrefossen er det bygd laksetrapp i tunnel.

Under behandlingen av konsesjonssøknaden om utbygging av deler av Altavassdraget ble det fremmet forslag om vern av Kvænangselva, Norbotnelva, Badderelva og noen vassdrag i Finnmark. Dette ble stadfestet ved Stortingets behandling av Verneplan II i 1980.