Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Vassdraget er sentrale deler av et viddelandskap med flere vann, og der elva går i fossestryk til nedre deler som er dominert av store avsetninger. Elveløpsformer, isavsmeltingsformer, botanikk og vannfauna (laks) inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Foto: Gunnar Kristiansen, 19/6-2009
Badderelva (Báttárjohka) har kildene i grensetraktene mellom Troms og Finnmark. Elva renner nordvestover mot Badderfjorden. I sør og øst drenerer elva et viddelandskap over 400 moh. I de nordvestlige delene av feltet har fluvialerosjonen vært betydelig, og det er dannet markerte nedskjæringer i både fast fjell og i løsmassene. Berggrunnen domineres av mørke grunnfjellsbergarter. Ved utløpet har dalbunnen en mektig grusavsetning som ble avsatt for om lag 9500-10 000 år siden. Fronten på avsetningen ligger ca. 65 moh. og faller bratt ned ca. 30 m til en marin terrasse. Under terrassen ligger flere strandvoller.

Fjellfloraen har flere sjeldne planter.

Under behandlingen av konsesjonssøknaden om utbygging av deler av Altavassdraget ble det fremmet forslag om vern av Kvænangselva, Norbotnelva, Badderelva og noen vassdrag i Finnmark. Dette ble stadfestet ved Stortingets behandling av Verneplan II i 1980. .