Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Beliggenhet i Lyngen. Vassdraget er sentrale deler av et kontrastrikt og variert landskap med kort avstand fra alpine høyfjell med breer til utløp i fjord. Elveløpsformer, isavsmeltingsformer, botanikk, vannfauna og fugleliv inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Utløpet ved Langøyra. (Foto: Sylvia Smith-Meyer, juni 2009)
Botnelva (Strupskardelva) ligger i vestre del av Lyngsalpene og renner ut i Sørleangsbotn. 
 
Strupskardalen er nederst vid med store moreneavsetninger. Dalen smalner av opp mot Blåvatn, der breer og botner fører opp mot Jægervasstindan i sørvest. Høyeste punkt er Støveltindan i sørvest. Fjellpartiene utgjør sentrale, vestlige deler av Lyngsalpene. Østlige deler er bratte og svært steinete. Her er det flere større og mindre breer og lite eller ingen vegetasjon. Bortsett fra noen vann renner elva i stryk mesteparten av strekningen. Berggrunnen er dominert av gabbro. I nedre del finnes også kvartsitt og fyllitt. Strupskardalen har moreneserier av nasjonal verdi, avsatt 10‑11 000 år før nåtid. Blokkøra i Sør-Lenangsbotn er en midlertidig fredet kvartærgeologisk forekomst, den eldste i serien av lokalavsatte morener. I vestlige og lavereliggende deler vokser bjørkeskog, med innblanding av andre lauvtrær og noe furu. Dalbunnen har grove, tørre moreneforekomster med skogløse partier og artsfattige, usammenhengende rabbesamfunn. Den mest verdifulle vegetasjonen finnes på morenene ved elva og på elveøra sør for Sør-Lenangen. Strandengene ved utløpet har internasjonal verneverdi, og arealene er foreslått vernet som Sør-Llenangsbotn naturreservat. Lokaliteten ligger i fortsettelsen av  Stormyra naturreservat i nabovassdraget Jægerelva. Vassdraget har store naturfaglige verneverdier og dekker sammen med Jægerelva vesentlige deler av naturtypene i de ytre strøk av Lyngsalpene. Store deler av nedbørfeltet ligger i Lyngsalpan landskapsvernområde, som også omfatter deler av nabovassdraget Jægerelva. Verneformål: Karakteristisk fjellområde med variert natur.

Tilgjengeligheten i nedre del er god. For friluftslivet er dalen viktig både sommer og vinter.

Vassdraget grenser til Jægerelva.