Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Beliggenhet i Lyngen. Vassdraget er sentrale deler av et kontrastrikt og variert landskap med kort avstand mellom alpine høyfjell med breer, Jægervatnet i nedre del og utløp i fjord. Elveløpsformer, isavsmeltingsformer, botanikk, vannfauna og  fugleliv inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Store kulturminneverdier. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Nedre del. (Foto: Gunnar Kristiansen)

Jægerelva ligger på vestsiden av Lyngsalpene og renner vestover til Ulsfjorden. 

Landskapet er særpreget med alpine former, botner, tinder og breer og store aktive urer. Vassdragets vestlige del domineres av Jægervatnet på 7,2 km2, som ligger bare 3 moh. Det går en kort elvestrekning fra innsjøen og ned til fjorden. Landskapet rundt Jægervatnet og arealene nord og sør for dette er relativt flate og frodige og nokså særegne for Lyngen. Øst for Jægervatnet og på begge sider av Stortinddalen reiser de imponerende Lyngsalpene seg. Jægervasstindan når opp i over 1500 moh.

Berggrunnen er sammensatt og domineres av fyllitt, glimmerskifer og gabbro. Det finnes dessuten betydelige arealer med kvartsitt på østsiden av Jægervatnet. Feltet har flere forekomster av geofaglig verdi. Interessante storformer med særpreg ligger i de øvre deler, og særegne fluviale akkumulasjonsformer ligger i Stortinddalen og ved elvas innløp i Jægervatnet.

Nedre del av nedbørfeltet er skogkledd. Både øst‑ og vestsiden av vannet er dominert av velutviklet blåbærbjørkeskog med en tregrense mellom 200 og 300 moh. I forsenkninger og bekkedaler ned mot vannet står frodige gråor‑heggeskoger. Ved nord‑ og sørenden av Jægervatnet ligger to større myrer, Stormyra med Stormyra naturreservat i nord, og en typisk bakke/fastmattemyr i sør. Lavrik furuskog finnes i nord og sør. I Stortinddalen og Kvitbergan viker skogen for rabbesamfunn, grove løsavsettinger og fjell i dagen. I nord er det forekomster av mange kalkkrevende fjellplanter, både i reinroseheiene og i snøleiene. Morenene har en spesiell vegetasjon. Stormyra har også et interssant fugleliv og smålom hekker her. Jægervatnet har trolig fylkets mest produktive sjørøyebestand. I tillegg forekommer noe ørret og laks.

Vassdraget har stor naturfaglig spennvidde og dekker over kort avstand naturtyper fra fjord til bre. Elva er typisk for de brepåvirkede elvene fra Lyngsalpene. Store deler av nedbørfeltet ligger i Lyngsalpan landskapsvernområde, som også omfatter deler av nabovassdraget Botnelva (Strupskarelva). Verneformål: Karakteristisk fjellområde med variert natur.

Det er gjort steinalderfunn ved fjorden. Skriftlige kilder forteller om kystsamisk bosetting i Lyngen fra 1600‑tallet.

Nedbørfeltet har med sitt varierte landskap stor opplevelsesverdi. Vassdraget er lett tilgjengelig og byr på gode muligheter for allsidig friluftsliv, fra fisking, bading og båtliv til fjellturer med alle vanskelighetsgrader. Nedre deler av elva har fast bosetning og det drives landbruksvirksomhet. Indre og høyereliggende deler er helt uten tekniske inngrep.