Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Vassdraget er sentrale deler av et attraktivt landskap på Senja. Bare den nederste kilometeren av elva ligger utenfor Ånderdalen nasjonalpark. Vassdragsvernet utfyller vernet av nasjonalparken ved at dette går helt til fjorden. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Elva går i flere små fosser på strekningen nedenfor nasjonalparken. (Foto: Knut Aune Hoseth, 2005)

Ånderelva ligger sørøst på Senja. Elva har utløp i Tranøybotn, en arm til Tranøyfjorden.

Vannskillet mot søndre Lakselvvassdraget i nord følger Kaperfjellet. Her ligger Istind, 851 moh. Gjennom flere småvann renner elva sørover til det lange og smale Kapervatn som er omgitt av glissen fjellbjørkeskog. Fra Kapervatn renner elva i et smalt og trangt gjel i et langt fossestryk til utløp i Åndervatn. Vannet er den største innsjøen og har en sentral beliggenhet i nedbørfeltet. Herfra til utløp renner Ånderelva vekselvis i stryk og rolige partier omkranset av myrer. 

Hoveddalen er en bred fjelldal med et stort mangfold av landskapstyper og biologiske forhold. I de øvre og vestlige deler har landskapet alpint preg - typisk for kyststrøkene i landsdelen.

Berggrunnen består av granittiske bergarter, og feltet er dekket av løsmasser. Vegetasjonen kan deles i åpen furuskog i nedre del som på fuktigere steder er oppblandet med bjørk, or og osp. Bjørkeskog overtar over 100 moh. Over skoggrensen som går på ca. 300 moh., overtar fattige lyngheier. Dalen har et ganske rikt fugleliv, og både grågås og sangsvane kan ses på Åndervatn om våren.

Riksveien krysser elva ved utløpet.

Med unntak av et lite areal før utløpet, ligger nedbørfeltet i Ånderdalen nasjonalpark. Formålet med nasjonalparken er å bevare et landskap med opprinnelig furuskog og bjørkeskog av den type som finnes i ytre deler av Troms, et fjellandskap som er karakteristisk for traktene. Landskapet og naturmiljøet for øvrig skal bevares i naturlig tilstand, og dyre‑ og plantelivet skal få utvikle seg mest mulig fritt, samtidig som området skal gi mulighet for friluftsliv og rekreasjon i urørt natur.