Vernegrunnlag: Beliggenhet mellom Jostedalsbreen og Sognefjorden. Vassdragets breer, elver og vann er sentrale deler av et variert og kontrastrikt landskap fra høyfjell til fjord. Elveløpsformer med tilhørende prosesser, isavsmeltingsformer, botanikk, fuglefauna, landfauna og vannfauna inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Store kulturminneverdier. Viktig for friluftslivet.

Sogndalselvi spenner fra bre til fjord, og renner ut i fjorden ved tettstedet Sogndal. Hoveddalføret har en slak og jevn lengdeprofil, mens sidedalene er markert brattere. Den største breen innen nedbørfeltet er Steindalsbreen.

I dalen er bjørk og gråor de mest vanlige treslagene, selv om edellauvtrær vokser i sørvendte lier og furu dominerer i midtre deler av dalen. I nedre delen har dalen preg av kulturlandskap med store arealer med dyrket mark, slåtte- og beitemark.

Det er registrert en rekke fuglearter i nedbørfeltet, og flere tilhører kategorien truede og sårbare arter. Her ligger også en av regionens viktigste lokaliteter for andefugl, flere arter er påvist. I skogene lever et uvanlig rikt utvalg av spetter og spurvefugler.

Sogndalen er betydelig kulturpåvirket. På flere av gårdene finnes verdifulle bygningsmiljøer og enkelthus, blant annet gamle stabbur. Flere av gårdene har gamle typer kulturmark som bjørkehager, einerbakker og slåtteenger. Det gir dalen et vakkert preg. Spor etter bosetning finnes helt tilbake til steinalderen. Et sjeldent funn er Eggjasteinen, en gravhelle med runeinnskrift. Ved Stedje kirke står en bautastein med runeinnskrift fra omkring år 1100.

Dalen gir muligheter for et stort spekter av friluftsaktiviteter, og er viktigste utfartsterreng for Sogndals befolkning. Det finnes en del tilrettelegging for friluftsliv. Riksveien mellom Fjærland og Sogndal følger store deler av Sogndalen.

Øverste deler av vassdraget ligger innenfor grensene til Jostedalsbreen nasjonalpark. Sogndalselvi er representativ for indre fjordstrøk i Sogn.