Vernegrunnlag: Urørthet. Anbefalt referansevassdrag. Vassdraget har en sentral funksjon i et landskap med store kontraster. Elver og vann er stedvis dominerende landskapselementer. Elveløpsformer, isavsmeltingsformer, fugleliv og vannfauna inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Kulturminneverdier. Vassdraget utfyller og bindersammen nasjonalpark og villmarksområder. Viktig for friluftsliv og reindrift.

Ingeborgvatnet. (Foto: Arne Hamarsland, aug, 1982)

Botnelva ligger øst for nedre del av Saltdalen, inn mot Junkerdalen. Elva har utløp innerst i Saltdalsfjorden, øst for Rognan.

Vassdraget består av to hovedgreiner, Ingeborgelva i nord og Knallerdalselva i sør. Begge drenerer fjellområder inn mot og delvis i Junkerdalen nasjonalpark. I Ingeborggreinen ligger Ingebordvatnet 400 moh. Herfra faller elva bratt i kraftig fossestryk over en strekning på ca 1,5 km, ned til Botnvatnet, 12 moh. Ingeborgfossen er et markert landskapselement. Tilsvarende faller Knallerdalselva fra Knallerdalsvatnet 410 moh, ned til dalbunnen over en strekning på ca 2,2 km.

Botnvatn er demt opp av en endemorene som på det høyeste er 30 m høy. Vannet ligger mindre enn en kilometer fra utløpet, men er godt skjermet av morenen.  Før endemorenen ble avsatt under isavsmeltingsperioden var Botnvatnet en del av Saltdalsfjorden. Innsjøen er relativt dypt og kjent for fremdeles å ha gammelt havvann i de dypeste lagene.

Berggrunnen består hovedsakelig av glimmerskifer og fyllitt, men to nord‑sørgående belter med kalkglimmerskifer krysser feltet. Avhengig av berggrunnen er vegetasjonen fattig, men har spredte innslag med artsrik flora.

Knallerdalselvas nedbørfelt har bra bestander med ender og vadefugler, og Botnvatn brukes som rasteplass for ender og lom under trekk. Knallerdalselva har god vannkvalitet med høy pH og variert utvalg av ferskvannslokaliteter. Elva har god bestand av sjørøye, men det går også opp en del sjøøret.

Kulturminnene er varierte og knyttet til samisk og norsk ressursutnytting gjennom et langt tidsrom. Kulturlandskapet som helhet og de enkelte kulturminnene har store kunnskaps- og opplevelsesverdier i lokal og regional sammenheng. Det varierte landskapet, den fine Ingeborgfossen med et fritt fall på ca. 130 m, den ville urørte Knallerdalen og de rolige fjelltraktene gir landskapet stor verdi.

Junkerdalen nasjonalpark ligger i øvre del av nedbørfeltet.