Vernegrunnlag: Beliggenhet i Vestlandets ytre kystsone, med oseanisk klima. Vassdragets elver, vann og myrer er sentrale deler av et variert landskap som i hovedsak ligger i lavlandet. Dalene har en avrundet utforming og dalretningene er sterkt preget av berggrunnstrukturen. Elveløpsformer med tilhørende biologisk mangfold inngår som viktige deler av naturmangfoldet.

Yndesdalsvassdraget renner ut i Fensfjorden ved Frøyset og drenerer fjellområdene mellom Sognefjorden i nord, Austgulfjorden i vest og Masfjorden i sørøst. Fra hoveddalføret drenerer en rekke sidedaler i sørlig retning med Myrdalen, Steindalen og Furudalen som de største. Hovedvassdraget renner gjennom fire store vann. Vernet omfatter hele nedbørfeltet bortsett fra nedbørfeltene til Transdalsvatn og Austgulvatn som begge ligger i øvre deler av Yndesdalsvassdraget. Til sammen utgjør disse 6 % av feltets totale areal.

Berggrunnen består for det meste av granitt. Løsmasser i betydelig grad finnes bare under marin grense og i dalbunnene. Skogarealene er dominert av furu og bjørk med innslag av eikeskog og edellauvskog. Enkelte steder er relativt store arealer tilplantet med gran og sitkagran. Fjellvegetasjonen består av lyngheier, grasheier og myrer. Bebyggelse og jordbruk utgjør ca 3% av totalarealet. Alle aktuelle vegetasjonssoner fra lavalpin sone til havnivå er representert. Vassdraget inneholder de fleste av de faglige kvalitetene som er karakteristiske for regionen. Vassdraget har i flere tiår hatt surt vann, og det er mulig at sjøaurestammen som fortsatt eksisterer kan ha utviklet en spesiell motstandskraft mot surheten. Vassdraget er derfor interessant som studieobjekt i forbindelse med overvåkingen av sur nedbør.

Vassdraget er godt egnet til fot‑ og skiturer. Det drives også noe jakt og fiske. Enkelte vann har ørret med god vekst og kvalitet.