Vernegrunnlag: Beliggenhet øst på Varangerhalvøya, vendt mot Varangerfjordens innløp. Vassdraget, som mangler vann i indre deler, men har et sterkt forgrenet elvesystem, er del av et særpreget, arktisk og karrig landskap med utpreget viddekarakter i øvre deler. Biologiske kvaliteter er viktige deler av naturmangfoldet. Viktig for friluftslivet, bl.a. fiske av laks og sjørøye.

Nedre del av vassdraget. (Foto: Gunnar Kristiansen)

Skallelva (Gállojohka) ligger på Varangerhalvøya vest for den også vernede Komagelva og starter på det slake, blokkmarkspregete fjellplåtået Falkefjellet (548 moh.). Fra sørvest kommer sidevassdraget Falkgårdselva fra Vasavatnet som er en av de få større innsjøene på østsiden av Varangerhalvøya. I tillegg kommer et stort antall sideelver ned fra nordvest. Elva har utløp i havet ved stedet Skallelv.

Berggrunnen består av sterkt omvandlede sedimentære bergarter. Store deler av feltet er dekket av morene, og i nedre del ligger betydelige avsetninger. Feltets øvre deler er preget av blokkmark, spylerenner og dødislandskap. Særlig markert er dette ved Grythaugen og Falkfjellet. I feltets midtre deler ligger mange terrasser og strandvoller. Spesielt nedre del av Skallelvdalen har stor formrikdom. Her er dalen bred og åpen med store glasiale og marine avsetninger. Ved utløpet ligger et stort, aktivt flyvesandfelt.

Skallelva er en god lakse- og sjørøyeelv.  Riksveien til Vadsø krysser elva ved utløpet. I nedre del er det en del hytter.

Store deler av nedbørfeltet inngår i Varangerhalvøya nasjonalpark.