Vernegrunnlag: Anbefalt referansevassdrag. Størrelse og beliggenhet. Sammen med Tanavassdraget omfatter vassdraget Finnmarksvidda som er nasjonalt særpreget ikke minst på grunn av sine svært mange vann myrer og elveløp i en sårbar natur. Vassdraget gir en helhetlig og gradvis overgang av naturtyper fra viddelandskap i sør til utløp i Altafjorden. Ulike elveløpsformer og aktive prosesser, botanikk, landfauna og vannfauna inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Avsetninger som illustrerer innlandsisens tilbaketrekning utgjør stedvis viktige og dominerende landskapselementer. Kulturminneverdier. Viktig for reindrift og friluftsliv inkl. laksefiske.

Altaelva. (Foto: Gunnar Kristiansen)

Vernet omfatter øvre del av Alta- Kautokeinovassdraget, ovenfor reguleringsmagasinet til Alta kraftverk, Virdnejavri. Vernet omfatter også Eibyelva og andre sidevassdrag fra vest nedenfor Altadammen. Vassdraget drenerer hele den vestlige delen av Finnmarksvidda og har utløp i Altavassdraget ved Jøraholmen ca. 8,7 km før dennes utløp i Altafjorden.Den østlige delen av vidda drenerer til Tanavassdraget.

Vassdraget har verdier knyttet til både geomorfologi, botanikk og zoologi. Innerst ligger flere småvann og store myrer ved grensen til Finland. De to jevnstore hovedgreinene, Kautokeinoelva fra vest og Siebejohka fra øst, møtes like sør for tettstedet Kautokeino. Landskapet her er preget av store og små myrer og vann i veksling med tørre rabber med glissen fjellbjørkeskog.

Fra vest, på grensen til Troms, kommer sidevassdraget Cabardasjohka, som etter å ha passert Stuorajavri  møter hovedelva litt nedenfor Kautokeino. Stuorajavri som er feltets største innsjø, er regulert 1 meter i forbindelse med kraftverket nedenfor. Kraftverket er nå nedlagt. Fra Kautokeino får landskapet mer preg av dal, og elva danner flere lange, smale innsjøer. Vegetasjonen består overveiende av bjørkeskog med frodige partier langs elvene.

Der riksveien tar av mot Karasjok, dreier elva mot nord, og over en lengre strekning går den i flere stryk, også med fossefall. Pikerfossen er mest kjent. Nedenfor fossen er elva farbar med båt ned til damstedet ved Sautso. Før utløp i Virdnejavri passerer elva samebygda Masi. Fra Virdnejavri går elva i et dypt, stort gjel, som nå for en stor del er neddemt i forbindelse med Alta kraftverk (ikke omfattet av vernet).

Selv om vegetasjonen hovedsakelig er artsfattig, er dalen botanisk interessant. Den sjeldne og fredete masimjelten vokser på to lokaliteter. Den ene lokaliteten ved Masi ligger på kalkrike fjellknauser. Den andre ligger i kalkrik rasmark øverst i det regulerte magasinet til Alta kraftverk (Virdnejavri). Myrene innerst på vidda har myrvegetasjon med mange østlige arter. Særlig interessant er de vide myrflatene Goatteluobbal innerst mot finskegrensa.

Altaelvas gjel på strekningen Sandia-Masi har en stor bestand av rovfugl. I øvre deler av vassdraget er det foruten ørret og røye, østfisker som sik, abbor, lake og gjedde som dominerer. Altaelva er kjent for stor laks. Laksen stopper litt nedenfor dammen, ca. 45 km fra havet. Vidda har også en bestand av rovdyr.

Jerv og bjørn forekommer. De indre delene av vidda er vinterbeiteområder for reindrift, mens de nordligste delene er vår- og høstbeiteområder.

Det var de store interessene knyttet til reindriftsnæringen og de naturfaglige forholdene som særlig lå til grunn for vernet i 1980.