Vernegrunnlag: Et av flere utvalgte nordiske vassdrag med høy verdi, øvre deler ligger i Sverige. Vassdraget er sentrale deler av et småkupert landskap i lavlandet, fra innland til fjord. Viktig våtmarksområde ved utløpet. Elveløpsformer, isavsmeltingsformer, botanikk, fuglefauna, landfauna og vannfauna inngår som viktige deler av naturmangfoldet. Store kulturminneverdier. Viktig for friluftslivet.  

Elgåfossen har et fritt fall på 20 meter. (Foto: Sylvia Smith-Meyer, 2008)

Største delen av Enningdalselva ligger i Sverige. Den norske delen ligger lengst sør i Østfold og grenser til Sverige mot øst, sør og vest. Elva har utløp innerst i Iddefjorden.

Landskapet i nedbørfeltet karakteriseres som lavlandsslette i slettelandskap, med finskala mosaikker av leirsletter og fast fjell uten store høydeforskjeller. Grunnfjellskoller med grunt jordsmonn gjennomskjæres av smale eller litt videre sprekkedaler som er fylt med marin leire.

Indre deler av vassdraget ligger i skogsområdene ved Boksjøene inn mot grensen til Sverige. Herfra renner elva 30 km sørover, gjennom Kornsjøene på svensk side og videre sørover. Gjennom flere fosser og stryk faller elva ca. 90 m til Søndre Bullaren, hvor den dreier nordover og kommer tilbake til Norge. Gjennom den slake dalbygda Enningdalen går elva vekslende i løsmasser og fjell forbi flate jordbruksområder og områder med brattere dalsider. Elveløpet veksler mellom små fosser og stryk, og roligere partier med meandrering og åpent vann. Nedre del har marine avsetninger med skjellsandbanker, dette gjelder særlig i utløpsområdet i Iddefjorden. Utløpet er et aktivt delta med dokumentert høy naturverdi.

Elgåfossen ved Holtet, nær riksgrensen lengst sør i vassdraget, har et fritt fall på 20 m. Dette er Østfolds høyeste uregulerte foss og et vakkert landskapselement.

Utløpsområdet innerst i Iddefjorden er fysisk inntakt slik at estuariet (munningsområdet) med transport, sedimentering og oppbygging av masser løper uforstyrret. Sammen med de nedre deler av elva er dette et viktig raste- og overvintringssted for fugl. Flere sjeldne fuglearter holder til langs vassdraget. Elva og osområdet er fiskerikt. Elva har en egen laksestamme. Flere ferskvannsorganismer har sitt nordligste funnsted her, og flere er sjeldne, blant andre elveperlemusling.

Flere naturreservater ligger i nedbørfeltet, se lenker til høyre.
Området har også mange kulturminner, og det vakre kulturlandskapet er spesielt. I nedre del av vassdraget ligger for eksempel Berby herregård med sin særpregete bebyggelse.