Akvakulturanlegg reguleres gjennom akvakulturloven. De fleste slike anlegg er avhengig av tilgang på mye ferskvann.

Etablering eller utvidelse av akvakulturanlegg etter akvakulturloven, eller kultiveringsanlegg etter lakse- og innlandsfiskloven er tiltak som krever avklaring i forhold til vannressursloven. 

For å kunne sende inn en komplett søknad etter akvakulturloven må først forholdet til vannressursloven være avklart med NVE jf. pkt. 6.1.6 i Fiskeridirektoratets veileder. Dette innebærer at NVE skal vurdere hvordan etableringen eller utvidelsen av landbaserte oppdrettsanlegg påvirker allmenne og private interesser i og ved vassdraget. Før det sendes søknad til fylkeskommunen om tiltak etter akvakulturloven, må det foreligge tillatelse eller en vurdering fra NVE etter vannressursloven for bruk av vannressursen.

Nye anlegg
Etablering av nye vanninntak er som regel konsesjonspliktig. For å søke konsesjon skal NVEs søknadsmal benyttes. Det er viktig at dette gjøres i god tid før søknad etter akvakulturloven, minst ett år i forkant. 

Utvidelse av eksisterende anlegg
For utvidelse av etablerte anlegg med vannuttak som aldri har vært vurdert etter bestemmelsene i vassdragslovgivningen, anbefaler NVE at det søkes om konsesjon etter vannressursloven. Ferskvann er en begrenset ressurs og konfliktnivået knyttet til vannuttak har i de senere årene økt. Driftmønsteret i de fleste akvakulturanlegg er dynamisk og vil endres over tid. Erfaringsmessig vil f.eks. en økning av antall sjødyktige smolt føre til økt vannuttak eller forandret vannuttaksregime over året, og dette påvirker interessene som er knyttet til vassdraget. For eier av anlegget vil det være fordelaktig å inneha en konsesjon etter vannressursloven slik at offentlige rettigheter til regulering og vannuttak er formalisert.

I spesielle tilfeller kan NVE vurdere vannuttak til ikke å være konsesjonspliktig. For utvidelse av etablerte anlegg med konsesjon i medhold av vassdragslovgivningen, skal NVE vurdere om tiltaket utløser ny konsesjonsbehandling. I slike tilfeller sendes en forespørsel til NVE.

Midlertidige tillatelser
Tidligere har NVE mottatt en rekke søknader om midlertidig tillatelse til å gå under laveste tillatte regulerte vannstand og/eller redusert slipp av minstevannføring. NVE vil kun i spesielle tilfeller gi slik tillatelse. En forutsetning for å gi slik tillatelse vil være at anlegget har holdt vannforbruket innenfor tillatte rammer og benyttet vannbesparende tiltak.

Fiskesperrer
Dersom et akvakulturanlegg har eller skal ha sitt vannuttak på lakseførende strekning har fiskesperre ofte vært et aktuelt tiltak for å hindre smitte fra villfisk til fisk i anlegget. Fiskesperren skal behandles etter vannressursloven. En fiskesperre som forkorter lakseførende strekning i et vassdrag er konfliktfylt og i dag ikke et absolutt krav i settefiskanlegg. Det finnes alternativer, og i NVEs brev av 16.12.2008 til settefisknæringen understrekes det at fiskesperrer i de fleste tilfeller er uønsket.

Lov om lakse- og innlandsfisk § 35

Friløp, midstrømslinje
Det er forbud tå stenge helt for fiskens frie gang uten konsesjon etter vannressursloven...

Forskrift om samordning og tidsfrister i behandlingen av akvakultursøknader

§ 3 tredje ledd: Komplett søknad: Innebærer at de krav som følger av søknadsskjema med veileder er oppfylt, herunder at en uttalelse om konsesjonsfritak eller tillatelse etter vannressursloven også foreligger.