Siden de første reguleringene ble iverksatt i 1862 har det vært en rekke endringer i reguleringen av Øyeren. Formålet med undersøkelsene var å skaffe basiskunnskap om de naturfaglige sammenhenger, slik at man kan sikre riktig forvaltning og ikke minst anbefale et mer tilpasset manøvreringsreglement som gjør minst mulig skade på naturmiljøet. Undersøkelsen har inngått i et tverrfaglig program som også omfattet studier av hvordan reguleringene påvirker leveforholdene for fugl, fisk, bunndyr, vannvegetasjon og vannkvalitet.
Utvikling av deltaet
Deltaet i Nordre Øyeren bygges ut av sedimenter som tilføres fra Glomma, Leira og Nitelva. Sedimenttilførselen til deltaet varierer sterkt fra år til år. De største mengdene tilføres fra Glomma, hvor suspensjonstransporten ved Bingsfoss, ble målt til ca 500 000 tonn i middel for årene 1995 - 1999. I 2000 ble suspensjonstransporten målt til 1 420 000 tonn. Samspillet mellom vannføringen i innløpselvene og vannstanden i Øyeren er avgjørende for fallet på vannlinjene i deltaområdet. Reguleringen av vannstanden har derfor innvirkning på hvor dette materialet sedimenteres og hvordan deltaet utvikles.
Strømhastighet og sedimentasjon
Fallet på vannlinjene har betydning for strømhastigheten som også er en viktig variabel i erosjon og sedimentasjonsprosessene i deltaet. Før reguleringene var deltaet påvirket av store sesongmessige vannstandsendringer på opp mot 8 m, se fig 1. I lange perioder i løpet av året lå vannstanden lavere enn under dagens forhold. Dette førte til at det tilførte materialet sedimenterte over et større område enn i dag, med utstrekning fra Glommas innløp og ned til den daværende overgangen til dypbassenget. Det bunntransporterte materialet som sedimenterte i de øvre deler av deltaet ved høy vannføring og vannstand om våren, ble videretransportert etter hvert som vannstanden i Øyeren sank utover ettersommeren.
Effekt av regulering
Reguleringspraksis gjennom de siste 100 år har ført til en mer konstant vannstand, slik at den horisontale utstrekningen av sedimentasjonsområdet har blitt mindre. Samtidig er det gjennomført tiltak som senker vannstanden under store flommer. Etter 1945 er høydevariasjonen mindre enn 2 m, og store deler av sommeren og høsten faller ikke vannstanden under den høyeste regulerte vannstand på 101.34 m. Etter hvert er det bygget opp sandbanker på nye steder i Glommas hovedløp. I 1960 årene ble banken utviklet til en øy, Flatsand. Dette er sannsynligvis en langtidsvirkning av at sedimentasjonsområdet for bunntransporten er redusert. Det er registrert en betydelig reduksjon av kornstørrelsen på bunnmaterialet nedover hovedløpet og fallet er spesielt stort ved denne øya, noe som tyder på stor sedimentasjon. I de mindre løpene er det også registrert et betydelig fall i kornstørrelsen, men sedimentasjonen har ikke vært stor nok til at det er bygget opp bankesystemer. På bakgrunn av feltmålinger er det skissert hvordan sedimentasjonssonene har vært ved forskjellige vannstander og under forskjellig reguleringspraksis, se fig 2. 
Fig. 1. Midlere vannstand i Øyeren i utvalgte tidsperioder. Kurven for årene 1852 - 1861 representerer naturtilstanden uten reguleringer. De øvrige kurvene er i henhold til Glommen og Laagen brukseierforending fra forskjellige reguleringer med ulik manøvrering.
Materiale som før reguleringene ble ført ut på deltaplattformen da vannstanden sank utover sommeren, vil nå sedimentere på de ytre deler av deltasletten slik at deltaet bygges raskere framover enn før. Flomdempningstiltakene har også ført til lavere vertikal oppbygning av deltasletten en tidligere. Under flommen i 1995 sedimenterte 400 000 tonn på deltasletten. Hyppigheten av slike flommer er imidlertid avtatt, slik at den vertikale oppbygningen av deltasletten er redusert.
Fig. 2 Antatte sedimentasjonsområder ved forskjellige vannstander i Øyeren. De store variasjonene i vannstanden under naturtilstanden må ha ført til en mer utstrakt videretransport enn under de senere reguleringene.